このゲームでは、準備時に 人数別／バトル／召喚 の３項目でゲームモードを選択します。
旧作からのボスラッシュを始めとしたレイドモードや、旧作には無かった１人用のモードなど、
選択したモードによって異なるプレイ感のゲームが楽しめます。
プレイ人数によるモード選択です。
従来の２～４人プレイの「マルチモード」のほかに、新たに１人用の「ソロモード」がプレイできます。
「ソロモード」はさらに以下の２つのサブモードがあります。
・ソロ・パートナーモード
初心者向けで、自分自身とは別に
専用ユニットを使用するパートナープレイヤーを操る、１人２役のモードです。
高難易度には対応していません。
・ソロ・シャドウモード
は上級者向けで、単純に複数プレイヤー分を１人で操るモードです。
高難易度向けを含む全コンテンツに対応しています。
手札運用に無駄が無くなる一方で、ゲーム開始時に10ダメージ受けるペナルティがあります。
ゲームのプレイ感に大きく影響するモード選択です。
通常ルールの「スタンダードモード」のほかに、上級者向けの「レイドモード」が選択できます。
※レイドモードには拡張セット「レイドボックス」が必要です。
「レイドモード」は専用ボスを使用し、特殊なルールも適用されます。
プレイヤーのパーティー編成コストも増え、より自由なパーティー編成が可能です。
「レイドモード」はさらに以下の３つのサブモードがあります。
・ボスラッシュモード
専用ボス「ヤマ」を使用し、ボスが次々と出現します。
高いＨＰと攻撃力を持つボスを複数相手にせねばならず、激しい戦いになります。
・ギアスラッシュモード
専用ボス「ファウスト」を使用し、通常敵とギアスが次々と出現します。
ギアスは敵側を強化する特殊カードで、特定条件を満たせばでプレイヤーがギアスを解除することができます。
ギアス解除のために、多彩なスキルを持つパーティー編成が必要になります。
※ギアスラッシュモードには拡張セット「レイドボックス」及び拡張６「円環」が必要です。
・ラストバトルモード
ソロ・シャドウモード専用のレイドモードで、専用ボス「精霊回路」を使用します。
「精霊回路」は一定ターンでＨＰを全回復するため、
極めて短いターンで高いダメージを叩き出さなければなりません。
モード選択に加えて難易度を選択します。
選択できる難易度はモードによって異なり、アルファベット順にＡ～Ｆ（Ｂ＋含む）の最大７段階あります。
モード選択と違ってプレイ感はほぼ変わりませんが、
難易度を上げるとボスがハードバージョンになるなど使用する敵カードが変わります。
また、難易度を上げるごとに使用できる拡張セットの数が増えます。
敵が強くなればなるほど、パーティー構築も工夫が必要で、
プレイヤー同士の協力・連携もより重要になります。
ゲームに慣れたプレイヤー同士なら、より高い難易度に挑んでみましょう。
通常のゲームモードであるスタンダードモードの難易度はＡ～Ｅまでの６段階。
基本セットのみだとＡ・Ｂの２段階が遊べます。
難易度Ａは初めてゲームを遊ぶ人向けで、ボスカードは「ファウスト」で固定です。
難易度Ｂは基本セットのみのボスを含めて遊ぶ場合、
難易度Ｂ＋は拡張セットのボスを含めて遊ぶ場合の難易度です。
ここまでが中級者向けの難易度になります。
難易度Ｃは拡張セットに収録されたハードボスを使用します。
難易度Ｄ・Ｅは拡張６「円環」に収録されたギアスカードを使用します。
ギアスカードを使ったゲームや、レイドモードなどは上級者向けの高難易度になります。
基本セットには通常の説明書とは別に高難易度用の説明書が付属していて、
そちらの説明書に高難易度用の難易度表やルールが載っています。
・レイドモードの難易度
ボスラッシュモードは４段階、ギアスラッシュ・ラストバトルモードは２段階の難易度から選択できます。
またレイドモードでは全難易度で所有する全ての拡張セットを使用することができます。
・ソロ・シャドウモードの難易度
ソロ・シャドウモードは、スタンダードもレイドモードでも遊ぶことができ、
難易度はそれらのモードにあるものから選択します。
